La storia della Ca’Pajella è molto recente. Il quartiere è così chiamato perché gran parte del territorio era di proprietà dei conti Pajello, in ricordo dei quali si usano ancora oggi gli stendardi verdi e rossi per imbandire la contrada durante la Rievocazione. I conti Pajello, di origine tedesca, giunsero in Italia verso la metà del XII secolo; essi acquistarono poi numerose proprietà in diverse zone di Thiene e già nel Quattrocento fecero costruire, su una di esse, la residenza di campagna per controllare meglio il territorio, ma di cui rimangono poche tracce.
Nel 1957 il Consiglio comunale decise che il nuovo quartiere doveva chiamarsi Borgo Asiago in onore della città che tanto aveva sofferto durante la Prima Guerra Mondiale.
Negli anni successivi furono costruite numerose abitazioni e il quartiere iniziò a popolarsi, infine venne costruita la chiesa in stile moderno. Essa fu inaugurata il 25 Aprile 1978, fu dedicata a San Sebastiano e venne poi impreziosita dagli originali dipinti di Margherita Pavesi Mazzoni, realizzati con oro su antiche tavole di legno di quercia e definiti “oro mistici”.